労基法改正で週44時間の特例が廃止に？小規模店舗のシフトへの影響

大阪府内で飲食店を約30店舗展開する会社（従業員420名）で人事を担当しています。多くの店舗は正社員とアルバイトを合わせて10〜20名ですが、一部の小規模店舗は常時使用する労働者が10人未満のため、接客娯楽業の特例措置対象事業場として法定労働時間を週44時間として運用し、44時間までは割増賃金の対象外という前提で給与計算をしてきました。
最近、労働基準法の見直しの議論のなかで、この週44時間の特例を廃止して全業種で週40時間に統一する案があると知りました。対象となる店舗は限られるものの、店舗ごとにシフトの組み方と給与計算の設定を分けているため、変更となれば準備に時間がかかりそうです。
特例が廃止された場合、実務ではどのような点が変わるのでしょうか。人員の増減で店舗の人数が10人以上になったときの扱いも含め、今のうちに確認しておくべきことを教えてください。