2026/10/27 投稿

人事・労務の相談室をご利用くださりありがとうございます。

結論から申し上げますと、割増賃金（残業代）の計算にあたり、基本給のみを基礎として計算してきた方法は労働基準法違反となる可能性が極めて高いです。貴所の場合は原則として資格手当や処遇改善手当も算定基礎に含める必要があり、正当な割増賃金に不足している差額分については過去に遡って支払い直す義務が生じます。

■割増賃金の算定基礎に含まれる賃金の範囲
労働基準法における割増賃金の計算単価は、原則として労働者に支払われるすべての賃金を基礎として算出する必要があります。法律上、算定基礎から除外することが認められている賃金は、家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当、臨時に支払われた賃金、および1か月を超える期間ごとに支払われる賃金（賞与等）の7種類に限定されており、ご質問にある手当のうち、資格手当や処遇改善手当はこれらの限定列挙された除外賃金のいずれにも該当しません。

そのため、これらは名称を問わずすべて割増賃金の算定基礎に算入しなければなりません。一方、通勤手当につきましては、通勤距離や実際にかかる通勤費用に応じて支給されているものであれば除外賃金に該当するため、算定基礎から除外して差し支えありません。ただし、距離や費用に関わらず一律定額で支給されている部分がある場合は、その一律支給部分も算定基礎に含める必要がありますのでご注意ください。

■過去の未払い分の再計算と過去遡及の必要性
法律上の算定基礎から外して計算していた場合、不足している割増賃金は「賃金の未払い」に該当します。労働基準法上の賃金請求権の消滅時効期間は当面の間「3年」と定められているため、従業員から請求があった場合や労働基準監督署の指導を受けた場合には、過去3年間に遡って不足額を再計算し、差額を清算・払い直す義務があります。

実務においては、まず過去の賃金台帳や出勤簿を確認し、除外できる通勤手当の性質（実費・距離比例か一律支給か）を整理したうえで正確な単価を算出してください。未払い額の確定後は、従業員へ誠実に経緯を説明し、支払計画を立てて速やかに清算対応を進めることがリスク管理上きわめて重要となります。

以上雑駁な回答ですがご参考になれば幸いです。
どうぞ宜しくお願い申し上げます。