取得率の低い夏季休暇を年次有給休暇の計画的付与へ変更する際の注意点

受託開発を中心とするIT企業（従業員約50名）で労務を担当しています。当社では特別休暇として夏季休暇3日を設け、7〜9月の好きな時期に取得できる制度にしていますが、プロジェクトの繁忙で取り切れない社員が多く、形骸化しています。そこで来年度から夏季休暇を廃止し、代わりにお盆前後に年次有給休暇の計画的付与（一斉付与）を導入する案を検討しています。特別休暇の廃止は不利益変更にあたるのでしょうか。労使協定など必要な手続きや、年5日の取得義務との関係、入社直後で年休日数が少ない社員の扱いなど、注意すべき点を教えてください。