愛知の特定最低賃金と10月の地域別最低賃金引き上げ、どちらを守ればいいですか

最低賃金の適用についてご相談です。当社は愛知県で自動車関連部品を製造しており（従業員約1000名）、事業場には輸送用機械器具製造業の特定最低賃金（現在1,146円）が適用され、パートや再雇用嘱託の時給はこれを基準に設定しています。今年10月に愛知県の地域別最低賃金が大幅に引き上げられると、特定最低賃金の額を上回る、いわゆる逆転が起きそうです。この場合、特定最低賃金が例年どおり12月に改定されるまでの間は、どちらの額を下回らなければよいのでしょうか。また、基本給のほかにどの手当を最低賃金の計算に含めてよいかも自信がありません。改定期に向けた社内の点検手順と併せて、一般的な考え方を教えていただけますか。