エンジニアの副業解禁と労働時間の通算管理、割増賃金の考え方について

従業員50名規模のIT企業で人事労務を担当しています。エンジニアの採用競争が厳しく、定着策の一環として副業の解禁を検討中です。想定されるのは週末の個人受託や他社での開発支援ですが、副業先と雇用契約を結ぶ場合は労働時間を通算し、割増賃金の負担が生じると聞きました。本人からの申告に基づく労働時間の把握方法や、いわゆる管理モデルの活用、業務委託の形であれば通算が不要になるのかを知りたいです。あわせて、長時間労働による健康障害や情報漏えいの防止など、副業許可基準に盛り込むべき項目についても、一般的な考え方を伺えますでしょうか。