お盆の一斉休業で年休の計画的付与、有休残日数が足りない社員の扱いは？

当社は愛知県の製造業で、従業員約1000名のうち工場部門は毎年お盆に1週間の一斉休業を行い、うち3日を年次有給休暇の計画的付与に充てています（労使協定は締結済みです）。今年は中途入社が増えた影響で、入社して間もなく有給休暇がまだ付与されていない社員や、残日数が5日を下回る社員が例年より多く、計画的付与の対象にできない人の扱いに悩んでいます。この場合、特別休暇として有給で休ませるべきか、休業手当（平均賃金の6割）を支払えばよいのか、一般的な取り扱いを教えてください。あわせて、来年以降に向けて労使協定や就業規則で整えておくべき点があればご教示ください。

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