10月から大阪の最低賃金1,231円、精皆勤手当や深夜割増は算入できますか

10月の最低賃金改定に向けて、アルバイト約300名の時給の点検を進めています。大阪府内で飲食店を約30店舗運営する会社（従業員420名）の人事担当です。今年は大阪府の最低賃金が54円上がって1,231円になる見込みと聞きました。当社では基本の時給のほかに、22時以降の深夜割増、遅刻欠勤のない月に支給する精皆勤手当、開店前の清掃を担当するスタッフへの職務手当などを支給しています。店長からは「手当を合わせれば1,231円を超えているので問題ないのでは」という声も上がっていますが、どの賃金を最低賃金と比較してよいのか判断がつきません。最低賃金額と比べる際に算入できる賃金・できない賃金の考え方と、店舗ごとの時給を点検する手順を教えてください。