オペレーターの退職を代行業者から通知された場合、会社はどう対応すべき？

先日、若手オペレーターの退職を、本人ではなく退職代行業者からの電話で知らされました。福岡でコールセンターを運営する会社（従業員約250名）の人事労務マネージャーです。当社は20代の在籍者が多く、今後も同様のケースが増えるのではないかと危惧しています。今回は「本人とは直接連絡を取らないでほしい」「残っている有給休暇をすべて消化して退職したい」との申し出があり、貸与しているヘッドセットや入館証の返却、担当窓口の引き継ぎをどう進めるべきか判断に迷いました。退職代行から連絡があった際、会社として本人の退職意思をどこまで確認してよいのでしょうか。また、業者経由で退職手続きを進めるうえで押さえておくべき注意点があれば教えてください。