【2025年最新】年末調整システムおすすめ17選！タイプ別に比較

年末調整システムとは

年末調整システムとは、企業が年に一度実施する年末調整作業を効率化するためのシステムです。年末調整を紙ベースで実施すると、書類の作成作業や申告書の配付・回収作業に多くの時間・労力がかかり、従業員の数が多い企業ほどその負担は大きくなります。

年末調整システムを導入すれば、これら紙ベースでおこなっていた作業をすべてシステム上で完結できるため、紙代などのコスト削減や作業負担の軽減につながるでしょう。

特に近年はテレワークが普及しており、紙ベースでのやりとりがしづらく、年末調整システムを導入する企業が増えています。

年末調整システムの種類

年末調整システムは大きく、以下4つのタイプに分類されます。

年末調整システム

• 年末調整特化タイプ
• 労務管理タイプ
• 給与計算タイプ
• コスパ重視タイプ

この記事で紹介するおすすめな年末調整をこの4タイプに分類してみた結果は、以下の比較表のとおりです。それぞれの特長を知り、自社の業務環境にあったシステムを選びましょう。

年末調整特化タイプ

1つ目は年末調整特化タイプです。年末調整作業の効率化に特化したシステムであり、以下のような機能を備えています。

すでに労務管理システムや給与計算システムを導入しており、年末調整機能だけを低コストで利用したい場合におすすめです。

労務管理タイプ

2つ目は労務管理タイプです。労務管理システムに年末調整機能が備わっているタイプで、申告書作成に必要な労務データを自動連携できます。

年末調整だけでなく、入退社や引っ越しなどにともなって発生する労務手続きも効率化したい場合におすすめです。

給与計算タイプ

3つ目は給与計算タイプです。給与計算システムに年末調整機能が備わっているタイプで、システム内の給与データを用いて年末調整の計算ができます。

所得税の計算では入社時の不要情報などをそのまま活用できるため、年末調整に必要な情報の入力作業を軽減可能。年末調整と同時に給与計算業務も効率化したい場合におすすめです。

コスパ重視タイプ

4つ目はコスパ重視タイプです。コスパ重視タイプでは、利用人数によって料金が変動する支払いシステムを導入しているケースが多く、無駄な費用が発生しないよう工夫されています。

また、オプションも豊富に用意されており、必要な機能だけを厳選し最小限のコストで導入することも可能。機能の充実さを求めるものの、なるべく低予算で導入したい場合におすすめです。

年末調整に特化した年末調整システム

年末調整に特化した年末調整システムの比較表は以下のとおりです。

奉行Edge 年末調整申告書クラウド

奉行Edge 年末調整申告書クラウドは、年末調整作業のデジタル化に強みがある年末調整システムです。

申告書の配付や回収、給与システムへの入力まで一連の業務をすべてシステムひとつで完結できます。年末調整作業を効率化し、従業員の作業負担軽減やミス防止につなげられます。

マイナポータルと連携できる点も特徴で、システムで作成した申告書や各種証明書データをシステムからマイナポータルにアップロード可能です。原本提出が不要となるため、申告書提出業務の大幅な効率化が見込めます。

S-PAYCIAL with 電子年調申告

S-PAYCIAL with 電子年調申告は、年末調整の進捗管理に強みがある年末調整システムです。

管理画面から従業員の入力・提出状況をリアルタイムで確認できるため、提出漏れを防ぎ申告業務をスムーズに完了できます。

入力内容が間違っていないかシステムが自動判定する妥当性チェック機能を搭載しています。わかりにくい入力項目でも正しい入力をサポートし、ミスを防げます。PC・スマホ・タブレットなどさまざまなデバイスに対応しているのも特徴です。

eNEN

eNENは、約6,000事業所、77万名の利用実績(2023年2月時点)がある年末調整システムです。

従業員数100名未満の小規模な企業から3,000名以上の大企業までさまざまな規模で導入されており、自社の規模感で導入できるか不安な企業も安心して利用できます。

申告方式は「ウィザード方式（一問一答）」と「プロセス方式（申告書イメージ）」の2種類から選択可能。PC操作の苦手な人が多い企業は、入力が簡単なウィザード式を選ぶなど従業員や企業の特徴に合わせられる点も魅力的です。

労務管理も可能な年末調整システム

労務管理も可能な年末調整システムの比較表は以下のとおりです。

オフィスステーション年末調整

オフィスステーション年末調整は、労務管理も可能な年末調整システムです。

オフィスステーションは人事・労務管理のさまざまな業務に対応する機能を備えており、必要に応じて機能を追加できる点が魅力。オフィスステーションの労務機能を追加すれば、入退社手続きやマイナンバー管理などの労務管理もおこなえます。

また、提示された質問に対し「はい」か「いいえ」で回答するだけで申告書の入力ができます。年末調整を効率化しつつ、労務管理もシステムを活用したい企業におすすめです。

クラウドハウス労務

クラウドハウス労務は、入社手続きの効率化に強みがある年末調整システムです。

入社手続きに関わる雇用契約締結などの作業をすべてシステム内で完結可能。紙での入社手続きがなくなるため、内定から入社までの期間を短縮でき、企業・従業員双方の負担を軽減できます。

年末調整の手続きも従業員のスマホから簡単に手続き可能で、隙間時間を活用して負担なく申告作業に取り組んでもらえます。

freee人事労務

freee人事労務は、労務管理のIT化に強みがある年末調整システムです。

打刻や入社手続きなどの勤怠・労務管理をすべてシステム内で完結でき、ペーパーレス化。書類管理の手間も省け、紙代などのコスト削減につなげられます。

アラート機能を搭載しており、やるべき労務管理業務や年末調整作業の抜け漏れを防ぎやすい点も魅力的です。

年末調整機能に関しては、「年末調整ペーパーレスプラン」や「年末調整申告プラン」など細かいプランを用意。自社の状況に合わせてシステム導入領域をカスタマイズでき、コスパよく利用できます。

ジョブカン労務HR

ジョブカン労務HRは、労務作業の自動化に強みがある年末調整システムです。

帳票自動作成機能を搭載しており、入退社手続きや扶養・指名変更手続きなどあらゆる労務手続きに必要な帳票の作成を自動化。申請もワンクリックでシステムから完結できるため、書類作成から申請までをすべてオンライン化し作業の効率化を図ります。

年末調整も簡単なアンケートに回答するだけで、年末調整に必要な各種書類を自動作成可能。年末調整にかかる作業の負担軽減につなげられます。

HRBrain 労務管理

HRBrain 労務管理は、サポート体制に強みがある年末調整システムです。

システム導入から活用支援まで専任の担当者がサポートをおこない、チャット・電話でのサポートも随時対応しています。他社の活用事例も共有してくれるため、導入後も不安なくシステムを有効活用できます。

年末調整に関しても、必要な書類はすべてHRBrain上で作成が可能で、ほかのツールを導入する必要がない点も魅力的です。

HybRid

HybRidは、多機能さに強みがある年末調整システムです。

年末調整はもちろん、マイナンバー管理や雇用契約書作成、入退社手続き、誓約書・同意書の作成など豊富な労務関連機能を備えている点が特徴です。労務管理に関してほかのシステムを導入する必要がないため、コスパよく労務管理を効率化できます。

また、経験豊富な社労士法人がシステムを監修しており、法的リスクの軽減や現場での使いやすさにこだわったシステムである点も魅力です。

給与計算もできる年末調整システム

給与計算もできる年末調整システムの比較表は以下のとおりです。

jinjer給与

jinjer給与は、給与計算の効率化に強みがある年末調整システムです。

給与の自動計算はもちろん、人事・勤怠情報と自動で連携できるため、計算ミスの防止や入力業務の効率化を図れます。

年末調整機能では、自社システム「jinjer人事・労務」とデータ連携することで、年末調整の計算を自動化し作業負荷を軽減できます。

フリーウェイ給与計算

フリーウェイ給与計算は、低価格で利用できる年末調整システムです。

従業員5名まではシステムを無料で利用でき、6名以上でも月額1,980円で利用可能。給与計算や年末調整をシステムで効率化したいけれども、なるべく予算をかけたくない企業におすすめです。

年末調整も自動計算機能や電子申告に必要なファイルの抽出機能を備えており、申告書の作成から提出までシステムで完結できます。

弥生給与23

弥生給与23は、システムの導入しやすさに強みがある年末調整システムです。

設定の仕方や使い方をわかりやすく解説した「スタートアップガイド」を動画で提供しており、システムを初めて導入する方でもガイドに従うだけで迷いなく導入できます。

年末調整も「年末調整ナビ」が入力業務をナビゲーションしてくれるため、抜け漏れなく正確に年末調整作業をおこなえます。

給与奉行クラウド

給与奉行クラウドは、給与業務のデジタル化に強みがある年末調整システムです。

あらゆる手当の自動計算機能を搭載しており、給与計算を正確かつスピーディーに完了。社会保険や労働保険の電子申請にも対応しており、給与関連のあらゆる業務をデジタル化し効率化できます。

年末調整に関しても申告書作成から申請まですべてシステム内から作業できるため、書類の受け渡しも必要なく作業を簡略化できます。

PROSRV

PROSRVは2,000社以上の導入実績がある年末調整システムです。

「年末調整事務サービス」では、年末調整の各種証明書と従業員からの申請内容をチェックし、年末調整計算用データ作成を代行するサービスを提供しています。年末調整に割く自社の人的リソースがない場合に、活用したいサービスです。

マイナンバー管理にも対応しており、マイナンバーをシステムで効率的に管理したい企業にもおすすめです。

コスパを重視した年末調整システム

コスパを重視した年末調整システムの比較表は以下のとおりです。

Money Forwardクラウド年末調整

Money Forwardクラウド年末調整は、コスパよく利用できる年末調整システムです。

他社の給与計算ソフトとも連携可能なため、現在利用しているソフトから変えずに年末調整をおこなうことができます。

申告書の入力依頼から回収状況までを進捗バーで確認できるため、作業の抜け漏れを防ぎやすい点も魅力です。

年調ヘルパー

年調ヘルパーは、年末調整の業務削減に強みがある年末調整システムです。

申告書の作成を3ステップで完了でき、申請者や管理者の手間を大幅に削減できます。Web給与明細書配信システム「Pay-Look」と連携すれば、源泉徴収票の配信も可能です。

ガイドやヘルプ機能も充実しており、従業員からの問い合わせを減らし、管理者の負担を減らせる点も魅力的です。

HRMOS年末調整

HRMOS年末調整は、ほかのシステムとの連携性に優れる年末調整システムです。

システム連携用のCSVファイルを出力できるため、給与計算システムや法定調書作成ソフトでデータ連携が可能です。既に給与計算システムなどを導入している企業におすすめです。

機能は制限されるものの無料で利用することも可能なため、試しに年末調整システムを使ってから導入を検討したい企業にもおすすめです。

年末調整システムを選ぶポイント

年末調整システムを選ぶ際は、以下の3つのポイントを比較してみましょう。

年末調整システムを選ぶポイント

• 申請者がスムーズに入力できるか
• 進捗確認がしやすいか
• ほかのシステムと連携できるか

申請者がスムーズに入力できるか

1点目は「申請者がスムーズに入力できるか」です。年末調整システムを初めて導入する場合、システムに詳しくない従業員は操作方法などに苦労し思うように作業できない場面も多くなるでしょう。

申告書の入力補助機能がついたシステムであれば、システムを初めて扱う従業員でも苦労することなく申告書の提出ができます。PCやシステムが苦手な人でも、簡単に入力作業ができるかをチェックしておくことがおすすめです。

進捗確認がしやすいか

2点目は「進捗確認がしやすいか」です。年末調整は従業員の数が多いほど、配付した申告書の作成状況など進捗確認が煩雑になりがちです。

進捗確認機能がついた年末調整システムを導入すれば、システムの管理画面から全従業員の更新内容を瞬時に確認できるため、進捗確認しやすく差し戻しや回収作業を効率化できます。

年末調整作業の進捗確認は作業分量の多くを占めるため、一番に確認しておきたいポイントです。

ほかのシステムと連携できるか

3点目は「ほかのシステムと連携できるか」です。年末調整には従業員の労務情報や給与情報が必要で、これらのデータをゼロからシステムに入力すれば途方もない作業量となります。

すでに導入している労務管理システムや給与計算ソフトと連携できれば、年末調整に必要な情報を簡単に共有できるため、年末調整システム導入の手間を大きく削減できます。

年末調整システム導入時は、既存システムと連携できるかも確認しておきましょう。

年末調整システムを導入するメリット

年末調整しないデメリットは多くあるため、年末調整システムを導入してきちんと手続きしましょう。

年末調整システムを導入するメリットを総務・経理担当者と従業員の2つの観点から紹介します。

総務・経理担当者側のメリット

総務・経理担当者のメリットとして、以下の項目が挙げられます。

従業員の情報や給与の支払いデータなどを入力すれば、過不足がある税額を自動計算してくれるため、手作業で起こりやすい計算ミスを大幅に削減できます。計算後のチェックもシステムを利用して簡単にでき、正確な申告書を作成しやすい点が大きなメリットです。

また、給与計算システムと連携すれば年末調整に必要な情報を自動で取り込めるため、業務負荷の軽減にもつながります。システム上で提出状況や申請内容を確認でき、回収業務も効率化できるでしょう。

従業員側のメリット

従業員のメリットとしては、以下の点が挙げられます。

申告書は専門的な用語も多く、慣れていないと「どこになにを書くべきか」わかりづらいこともあるでしょう。

年末調整システムのなかにはアンケート形式で答えるだけで申告書を作成できる機能もあり、総務・経理以外の従業員も迷うことなく簡単に作業できます。

また、保険情報や住宅ローンなど前年と変わらない情報はそのまま使用できるため、入力項目を削減できる点もメリットです。

年末調整の電子化が義務に？

2020年10月以降、年末調整の電子化が実施されることとなりました。また2023年1月以降から、一部の企業にて電子化が義務化されています。

年末調整の電子化とは

年末調整の電子化では、今まで書面でおこなわれていた保険料控除申告や住宅ローン控除申告をデータでやりとりできるようになります。

年末調整を電子化するメリット

年末調整を電子化すると、控除額を自動で算出することが可能です。また、お使いの給与システムと連携することにより、自動チェックからオンライン上での提出まで一元管理が実現できます。

年末調整の電子化の義務づけはいつから？

2023年1月より、前々年度に発行した年末調整に関わる法定調書※の枚数が種類ごとに100枚以上ある企業は、年末調整の電子化が義務づけられています。

たとえば、2021年1月に給与所得の源泉徴収票を150枚発行していた場合、2023年1月に提出する給与所得の源泉徴収票は電子化が必要です。

もし電子化に対応せず紙ベースで提出してしまった場合、申告が受理されず無申告加算税の対象となるため注意しましょう。

法定調書とは、所得税法などの規定により税務署への提出が義務化されている資料のこと。給与所得の源泉徴収票など年末調整に関わる書類も存在します。

年末調整を電子化するやり方

年末調整を電子化するやり方については、以下2種類の方法があります。

1. 国税庁の年調ソフトを利用する方法

一つ目は、国税庁がリリースしている年調ソフトを利用することです。

年調ソフトとは

無料で国税庁の公式サイトや、AppStore・Microsoft Storeなどからダウンロードできる年末調整システムのこと。AndroidやiPhoneなどのスマホにも対応しており、スキマ時間で年末調整作業をできる点が魅力です。

年調ソフトでは控除証明書などのデータを取り込み、従業員や給与支払者の基本情報（氏名や住所など）を入力することで年末調整の申告書を作成できます。

国税庁公式サイトの「年末調整手続の電子化に向けた取組について」においてダウンロード方法が詳しく掲載されているため、年調ソフトを利用したい方はチェックしてください。

2. クラウド型年末調整システムを利用する方法

二つ目は、クラウド型年末調整システムを利用することです。

クラウド型年末調整システムとは

年末調整システムのなかでもインターネット上からアクセスし、利用できるタイプのシステムのこと。

サーバーに直接システムを構築するオンプレミス型とは異なり、システム構築の手間やコストが省けるため、導入コストを下げられ比較的低予算で利用できる点がメリットです。

多くの会社からクラウド型年末調整システムがリリースされており、代表的な年末調整システムでは以下が該当します。

回答入力補助機能など便利な機能が多数搭載されているので、年末調整作業の効率化を図りたい企業におすすめです。

まとめ

年末調整システムでは、申告書の作成から申請まで大部分をシステムひとつで完結でき、紙のやりとりが少なく業務効率化につながります。

年末調整システムは給与計算システムや労務管理システムと一体となったものもあるため、自社の業務環境に応じて適切なシステムを選びましょう。

今回の内容を参考に年末調整システムを導入し、バックオフィス業務の効率化を目指しましょう。

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